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En 1854 en Culiacán Pomposo Verdugo apoya el Plan de Ayutla, en contra del gobierno de Antonio López de Santa Anna. Incluso fue denunciado ante el propio presidente del país por don Antonio de la Vega. Tomado preso, en el trayecto hacia la capital del país se fuga antes de llegar a Mazatlán.
El 8 de noviembre de 1855 Verdugo es nombrado gobernador de Sinaloa por el presidente Juan Álvarez, y declara a Culiacán capital del estado. Sin embargo, el comandante militar de Culiacán José Inguanzo desconoce a las autoridades nacionales y locales, y obliga al gobernador a salir del distrito. Dos días más tarde, Inguanzo toma de la Casa de Moneda doce mil pesos.
El día 13 sale con rumbo a Cosalá, sitio donde es desconocido por sus hombres, tomado preso y entregado a las autoridades federales. El mes de diciembre los habitantes de Culiacán ven llegar al gobernador Verdugo. En febrero de 1856, Verdugo se ausenta del gobierno para marchar a Mazatlán, dejando en el poder a don Agustín Martínez de Castro. Retorna en los días finales de abril.
El doctor Ramírez –hermano de Ignacio Ramírez, El Nigromante– promulga en Culiacán, el 19 de abril, la Constitución federal. El primero de mayo reclama al obispo Pedro Loza y Pardavé, “por haber mandado dirigir circulares para que no juren la Constitución. Pasada la turbulencia, Verdugo regresa al gobierno el 7 de junio.